6. 结构编辑及信息测量¶
对于结构的操作,用户可先仔细阅读 工具栏(Toolbars) 中各快捷图标的功能描述,再根据需要对结构进行相应操作,操作后的结构视图均可在3D显示区域查看。
6.1. 结构的3D显示基础操作¶
Device Studio支持从ZY、XY、XZ、YZ、YX和ZX面观察结构的3D视图,如在3D显示区域的NaCl(1 1 1)晶体结构 ( NaCl(111).hzw
),用户通过鼠标点击工具栏中的 3D Viewer zy View 快捷图标将结构重置到ZY面,通过点击该快捷图标的下拉按钮可选择从XY、XZ、YZ、YX或ZX面来观察NaCl(1 1 1)晶体结构的3D视图,NaCl(1 1 1)晶体结构在3D显示区域的ZY、XY、XZ、YZ、YX和ZX面的3D视图分别为 图 6.1 、 图 6.2 、 图 6.3 、 图 6.4 、 图 6.5 和 图 6.6 所示。
在结构3D显示区域,用户可通过滚动鼠标中键将结构的3D视图放大或缩小;可先选中工具栏中的 3D Viewer Translation Mode 快捷图标或按住鼠标中键,通过拖动鼠标将结构的3D视图在该区域平移;可先选中工具栏中的 3D Viewer Rotation Mode 快捷图标或按住鼠标右键,通过拖动鼠标将结构的3D视图在该区域旋转。
6.2. 结构的修改操作¶
以晶体MoS 2 为例来说明结构的一系列修改操作,准备结构文件( MoS2.hzw
),鼠标拖动该文件到软件的Project Explorer(项目管理)区域即可导入结构,结构的zy面3D视图如 图 6.12 (a)所示。
6.2.1. 添加原子¶
如在晶体MoS 2 中添加一个Cr原子,具体操作如 图 6.7 中红色部分所示,点击Toolbars上的 Add Atom 快捷图标则弹出元素周期表,在元素周期表中选中Cr,点击 OK,在 图 6.12 (a)所示界面中根据需要在某个位置点击鼠标左键,再点击重新计算键长 Recalculate LinkerBond 快捷图标则完成在MoS 2 中添加一个Cr原子的操作,完成后的3D视图如 图 6.13 (b)所示。
6.2.2. 删除原子¶
如删除如 图 6.13 (b)所示的结构中左边的S原子,具体操作如 图 6.8 中红色部分所示,选中想删除的S原子,点击Toolbars上的 Delete Atom 快捷图标或直接按键盘中 Delete 键则可删除S原子,之后点击重新计算键长 Recalculate LinkerBond 快捷图标,删除S原子后的3D视图如 图 6.14 (c)所示。
6.2.3. 替换原子¶
如将如 图 6.14 (c)所示的结构中的Cr原子替换成W原子,具体操作如 图 6.9 中红色部分所示,选中想替换的Cr原子,点击Toolbars上的替换原子 Replace Atom 快捷图标则弹出元素周期表,在元素周期表中选中W,点击 OK,再点击重新计算键长 Recalculate LinkerBond 快捷图标,则完成将如 图 6.14 (c)所示的结构中的Cr原子替换成W原子的操作,完成后的结构的3D视图如 图 6.15 (d)所示。
6.2.4. 修改原子坐标¶
如将 图 6.15 (d)中W原子的坐标位置由(0.79757905,1.84840857,7.24943971)修改为(1.0,1.5,12.0),具体操作如 图 6.10 中红色部分所示,先鼠标选中W原子,则在Properties Explorer(结构属性区域)查看到选中的W原子的坐标信息为(0.5951619,1.47565329,7.18570423),再鼠标分别双击合适位置填写1.0、1.5和12.0,则修改好W原子的坐标,最后点击重新计算键长 Recalculate LinkerBond 快捷图标,修改原子坐标后结构的3D视图如 图 6.16 (e)所示。
6.2.5. 移动选中的原子¶
对于 图 6.16 (e)所示的结构,移动左边的两个原子,具体操作如 图 6.11 红色部分所示,先鼠标框选左边两个原子,点击 Move Atom 快捷图标,则弹出Move Atom界面,在界面中填写移动距离,点击沿着Z的正方向移动,移动之后点击新计算键长 Recalculate LinkerBond 快捷图标,移动后的结构的3D视图如 图 6.17 (f)所示。
备注
这里对于结构的修改操作只描述了一部分,用户可根据需要仔细阅读 工具栏(Toolbars) 中各快捷图标的功能描述,再进行相应的结构操作。
6.3. 结构的信息测量¶
以Si8晶体结构为例描述结构的信息测量一系列操作。准备结构文件( Si8.hzw
),鼠标拖动该文件到软件的Project Explorer(项目管理区域)即可导入结构,结构的zy面3D视图如 图 6.18 所示。
注意事项
对于结构的信息测量往往需要选中多个原子,在单击选中多个原子的过程中,建议用户先选择 工具栏(Toolbars) 上对应功能的快捷图标,按住 Ctrl 键,再逐个选中结构中的原子。若不按住 Ctrl 键,则无法通过鼠标单击的方式选中多个原子,亦无法进行结构的信息测量。
6.3.1. 测量2个原子之间的距离¶
对于 图 6.18 所示的晶体结构,先点击Toolbars上的 Distance 快捷图标,按住键盘上 Ctrl 键,再通过鼠标分别选中结构中的2个原子则可测量选中的2个原子之间的距离如 图 6.19 (a)所示,若不想保留测量数字,点击 3D Viewer Selection Mode 快捷图标,选中测量数字,按键盘中的 Delete 即可。
6.3.2. 测量2个原子之间的向量¶
对于图 图 6.18 所示的晶体结构,先点击Toolbars上的 Vector between two atoms 快捷图标,按住键盘上 Ctrl 键,再通过鼠标分别选中结构中的2个原子则可测量选中的2个原子之间的向量如 图 6.20 (b)所示。